Учреждение изначально было создано как областной партийный архив коммунистической партии. Формирование сети партийных архивов в масштабе всей страны было положено постановлением СНК РСФСР от 21 сентября 1920 г. «Об учреждении Комиссии для собирания и изучения материалов по истории Октябрьской революции и истории РКП(б)», сокращенно истпарт. Постепенно, с сер. 1920-х гг., складывается система научных учреждений, хранящих историко-партийные документы. Основная цель – собирание, обработка, издание документов по истории октябрьской революции и истории РКП(б). В 1931 г. был образован Институт Маркса-Энгельса-Ленина (ИМЛ) при ЦК ВКП(б), при нем Центральный партийный архив (ЦПА). Этому архиву подчинялись все местные партийные архивы, в том числе и партийный архив Новгородской области.

     В связи с образованием Новгородской области, решением бюро Новгородского обкома ВКП(б) от 14 июня 1946 г. был создан областной партийный архив. Он стал формироваться на основе выделенных документов из партийного архива Ленинградского обкома партии.

     Изначально архив располагался в здании обкома партии (ныне музыкальное училище в Кремле), в 1959 г. был перемещен в Митрополичьи палаты Кремля и, наконец, в мае 1981 г. партийный архив переехал в новое типовое здание, оборудованное системой кондиционирования воздуха, лифтом, специальными архивохранилищами.

     В соответствии с указом Президента от 24 августа 1991 г. «О партийных архивах», по решению Новоблисполкома от 28 августа 1991 г. «О передаче архива обкома КПСС» была образована межведомственная комиссия для приема-передачи архивных документов партархива Новгородского обкома КПСС вместе с занимаемым зданием, штатной численностью и фондом оплаты труда. Партийный архив вначале был включен в состав Государственного архива Новгородской области (ГАНО) в качестве архивохранилища №3. Постановлением Администрации Новгородской области от 12 декабря 1991 г. на базе бывшего партийного архива был образован Новгородский областной архив новейшей политической истории. Таким образом, в декабре 1991 г. бывший партийный архив вновь стал самостоятельным учреждением. Эффективное продвижение по поисковому трафику.

     В конце 1993 г. изменились название и подчиненность архива. В соответствии с распоряжением Администрации Новгородской области от 22 декабря 1993 г. архивный отдел при Администрации Новгородской области был реорганизован в архивное управление, а Новгородский областной архив новейшей политической истории переименован в Государственный архив новейшей политической истории Новгородской области. Внутренняя структура архива не менялась.

     Изменения произошли в 1997-1999 гг. В 1997 г. сектора, образованные по направлениям деятельности архива были преобразованы в отделы. В 1998 г. архив новейшей истории был зарегистрирован в качестве самостоятельного юридического лица. По распоряжению Администрации Новгорода от 27 марта 1998 г. он стал называться: Государственное областное учреждение «Государственный архив новейшей политической истории Новгородской области» (ГОУ ГАНПИНО). Было утверждено новое положение об архиве, архиву присвоены самостоятельные банковские и юридические реквизиты, в структуре архива было образовано новое подразделение – бухгалтерия. В связи с корректировкой направлений работы отдел научно-технической обработки документов был преобразован в отдел комплектования. 1 ноября 2002 г. «Государственный архив новейшей политической истории Новгородской области» был переименован в «Государственный архив новейшей истории Новгородской области» (ГОУ ГАНИНО).